Kako izračunati Sequence Pokritost

bogatenja študije zahtevajo izračun podatkov zaporedja za določitev stopnje kritja . To je narejeno predvsem zaporedja genov laboratoriji , ki zahtevajo celovit priprave vzorca DNK in združevanja vnaprej za bogatenje . Izračunavanje zaporedja pokritost zahteva uporabo spremenljivk , ki vključujejo zaporedja pokritost povprečno, skupno ciljno podlag in učinkovitosti z bogatenjem urana . Performing ta izračun se opravi z vnosom vseh teh spremenljivk v enačbo . Navodila

1

Napišite enačbo , ki se uporablja za izračun povprečne zaporedja pokritost. To bo videti kot želeno pokritost , deljena s povprečnim normalizirane pokritosti. Čeželene pokritosti je 10x insrednja normalizirana pokritost je 0,2 , natosrednja zaporedja pokritost je 50.
2

Napišite enačbo , ki se uporablja za izračun zneska sekvenciranje . To bo izgledal ( skupaj ciljnih baz ) (srednja vrednost zaporedja pokritost ) /(učinkovitost obogatitev) = znesek sekvenciranje .
3

Plug v 62 MB za " skupno usmerjenih baz " in 0,65 za " obogatitev učinkovitost . " Dodaj zneska za sekvenciranje zajetja 50x inenačba bo izgledal (62) (50) /0.65 . Rezultat enačbe bo 4,8 GB podatkov zaporedja .