* Različni formati kartuš: DS in 3DS uporabljata različne formate kartuš. Kartuša 3DS je fizično manjša in ima drugačne pine za priklop v sistem.
* Nezdružljivost programske opreme: Tudi če bi lahko igralno kartušo DS fizično vstavili v 3DS, je sistemska programska oprema 3DS ne bi prepoznala. 3DS je zasnovan za izvajanje iger 3DS, ne iger DS.
Kako igrati igre DS na 3DS:
* Navidezna konzola: 3DS ima funkcijo "Virtual Console", ki vam omogoča digitalni prenos in igranje klasičnih iger DS. Te igre so kupljene prek Nintendo eShop in jih je mogoče igrati na vašem 3DS.
* Način DSi: Nekateri modeli 3DS imajo način "DSi Mode", ki omogoča neposredno igranje iger DS. Ta način je namenjen predvsem združljivosti s starejšimi igrami DS in ne vključuje izboljšanih funkcij 3DS.
Opomba: Fizične kartuše DS ne morete vstaviti v 3DS. 3DS v tem smislu ni združljiv za nazaj s kartušami DS.