Game Boy Advance ima drugačno režo za kartuše in uporablja drugačen procesor kot originalni Game Boy. Čeprav obstaja nekaj izjem (na primer Game Boy Color, ki je združljiva z Game Boy Advance), igre Game Boy niso združljive z Game Boy Advance.
Lahko pa igrate igre Game Boy in Game Boy Color na Game Boy Advance SP z uporabo Game Boy Player dodatek za Nintendo GameCube.